カブトの世界。
ゼクト隊員のユニフォームに身を包んだ士はワケもわからぬまま、ゼクト隊員のアラタに連れ去られてしまう。そんな士を見送るもう一人の士が現れて…。
士が連れて行かれたのはワームが出現した現場。ゼクト隊長のソウがザビーに、アラタがガタックに変身。クロックアップしワームに立ち向かうが、窮地に追い込まれたそのとき赤い閃光が一瞬走るとワームを撃破する。どうやら今の赤い光がクロックアップしたカブトらしい。
士と夏海、ユウスケはアラタからワームという人間に擬態する生命体の存在を知らされる。と、そのとき士に擬態したワームが現れた。夏海のツボ押しとディケイドに変身したことで本物の士が判明。ディケイドはワームに攻撃を加えるが、ワームが一人の少女を襲おうとしたその時、例の赤い閃光がワームを粉砕した。赤い閃光＝カブトは少女を守ろうとしていたようだが…。
士と夏海はその少女、マユに接近。彼女が働くおでん屋へと入る。店のテレビではクロックアップ機能が暴走し常に超高速で移動しているカブトに対して一般市民が不安を抱いていることを伝えている。が、ガンモと大根、タマゴしかないおでんを出す頑固なおばあちゃんは、そんなカブトに関する報道を否定するようなことを口にする。
士に写真を撮ってもらい心を開いたマユは、兄がカブトに殺されたことを告白する。
「私、カブトを許さない…」。
そのころゼクトではソウを中心にカブト捕獲計画が進行していた。異常なまでにカブトに対する憎しみを露にするソウ。どうやら右目を失ったのもカブトに切りつけられたかららしい。
マユのおでん屋を手伝うことにした士は、おでんに新たな種を加えるがおばあちゃんは怒り心頭。士が作ったおでんをすべて捨ててしまう。マユによるとおでんの種は兄や自分たち家族が好きだったものばかり。おばあちゃんは兄がまだ生きていると信じているのかもしれないという。
ワームが現れた。士はマユを逃がすとディケイドに変身。さらにクウガ・ペガサスにフォームチェンジし、クロックアップしたワームを撃破する。
が、そこへ現れたザビーとガタックはディケイドをまたも悪魔と決めつけ襲いかかってきた。クロックアップしたザビーとガタックに追い込まれるディケイド。そのときクロックアップの力を狙う大樹が現れ、ディエンドに変身。ザビーとガタックに立ち向かう。
ザビーと戦うディケイドはワームに襲われているマユを発見。さらにザビーが放った一撃が流れ弾となってマユに…。そのときカブトがマユを守ると、ザビーをも倒してしまう。クロックアップが解除され、変身をも解除したソウ。その姿を見たマユが意外な言葉を発した。
「お兄ちゃん!?」。
マユの兄はやはり生きていたのか…？