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士たちを襲う不気味な兵士たちとロボット。だが、そこに立ちはだかった男が《変身》した。
黒いボディ、真っ赤な目───。
ＲＸ＝南光太郎と、侵略者・クライシス帝国とが、果てしないバトルをつづけている世界。
さらに、この世界にクライシス以外の敵が侵入しつつあった。
《大ショッカー》の使者、アポロガイスト。
彼の目的は２つ。
１つは、クライシスを大ショッカーの軍門に加えること。
もう１つは、自らの命を長らえるため、人の命を吸い上げること……。
アポロガイストの魔手にかかり、その命を奪われてしまった夏海。
彼女を救うには、世界を自在に行き来するアポロガイストを捕え、そのアイテム《パーフェクター》を奪わなければならない。
パーフェクターを追って、士と大樹の争奪戦が始まる！
新たな世界。
士、ユウスケ、夏海の前に、突如クライシス最強の戦士シュバリアンがクライシス戦闘員とともに現れた。
「霞のジョーを始末しろ！」。
どうやら昭和のヒーロー風の扮装をしている士を「霞のジョー」という男と間違えているらしい。
と、そこへ一人の男が現れると仮面ライダーブラックRXに変身。士を庇うようにクライシス戦闘員、そしてシュバリアンに立ち向かう。
が、なぜか現れたファンガイアとイマジンにRXは窮地に。見かねた士はディケイドに変身。イマジンを撃破するとファンガイアは光のオーロラの中へ。シュバリアンらも逃走する。
RXは「破壊者」とディケイドに襲いかかろうとするが、夏海が身を挺して阻止。変身を解除した男も夏海のまっすぐな瞳を信じ攻撃をやめる。
男の名前は南光太郎。世界侵略を狙うクライシス帝国とRXに変身して戦っているが、最近になって別の勢力が現れ仲間である「霞の ジョー」も失踪してしまったという。どうやらここでも世界の融合と破壊が進んでいるらしい。が、士はいくら戦っても自らの世界が見つからない、と戦うこと を拒否してしまう。
帰る家など必要ない、という士を説得する夏海。しかし、士はなんと言われても戦おうとしない。そこへイマジン、ファンガイアを引き連れた一人の 男、ガイが現れた。ガイの正体は世界の秘密結社が結集した大組織、大ショッカーの幹部アポロガイスト。ディケイドを消し去ろうと強大な力で襲 いかかる。そして、士の命を奪い去ろうとしたその瞬間、夏海が士の前に身を投げ出しアポロガイストの攻撃をまともに受けてしまう。
夏海はそのまま入院、しかし原因はわからず命が危険な状態に陥ってしまう。さすがに落ち込む士の前に大樹（戸谷公人）が現れた。大樹によると、ア ポロガイストは自らの命をつなぐため、パーフェクターというアイテムで人の命を奪っているという。アポロガイストからパーフェクターを奪えば夏海を救え る。士はユウスケに夏海を任せ、ようやく戦いに身を投じる。
クライシス帝国を大ショッカーに取り込もうとアポロガイストが出現した。そこへ士は光太郎とともに変身、2人は仲間のためディケイド、RXとなっ て強大な敵に立ち向かっていく。しかし、やはりアポロガイストのパーフェクターを狙うディエンドに邪魔をされ、まともに戦うことができないディケイド。そ の間にもアポロガイストは光のオーロラの向こうにある別世界へと消えてしまう。
コンプリートフォームとなって邪魔者を消し去ったディケイドはRXのサポートを受け、アポロガイストが去った別世界へ。
光のオーロラを越え、新たな世界へとやってきたディケイド。そこへ黒い服を来た光太郎が現れた。光太郎は仮面ライダーブラックに変身、ディケイドに襲いかかり…。
後日掲載